細菌基因組DNA提取試劑盒(目錄号:RTG2401)
試劑盒組成
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RTG2401-01
(50次)
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RTG2401-02
(100次)
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貯存方式
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緩沖液GA
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15 ml
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30 ml
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室溫
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緩沖液GB
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15 ml
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30 ml
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室溫
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去蛋白(bái)液GD(濃縮液)
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18 ml
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36 ml
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室溫
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漂洗液PW(濃縮液)
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25 ml
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25 ml
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室溫
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洗脫緩沖液EB
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15 ml
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2×15
ml
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室溫
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蛋白(bái)酶K(20
mg/ml)
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1 ml
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2×1
ml
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-20℃
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溶菌酶(5 mg/ml)
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1ml
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2×1ml
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-20℃
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RNase A(10
mg/ml)
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0.5 ml
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1 ml
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-20℃
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吸附柱CG
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50個(gè)
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100個(gè)
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室溫
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收集管(2 ml)
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50個(gè)
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100個(gè)
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室溫
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說明書
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1份
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1份
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● 試劑盒内容及保存:
● 儲存、效期及運輸:
本試劑盒在常溫(25℃左右)幹燥條件(jiàn)下(xià),可保存1年(nián);更長(cháng)時間的保存可置于2-8℃。2-8℃保存條件(jiàn)下(xià),若溶液産生(shēng)沉澱,應在使用前置于37℃下(xià)溶解沉澱至溶液澄清後再使用。單獨包裝的蛋白(bái)酶K、溶菌酶和RNaseA收到(dào)後-20℃保存。
蛋白(bái)酶K、溶菌酶和RNase A濕冰運輸,其餘組份常溫運輸。
● 産品簡介:
本試劑盒采用可以特異性結合DNA的離心吸附柱和獨特的緩沖液系統提取細菌(革蘭氏陽性菌和陰性菌)的基因組DNA。溶菌酶能(néng)有效去除細菌細胞壁;蛋白(bái)酶K能(néng)把核酸解離出來;
RNaseA能(néng)去除痕量的RNA污染;離心吸附柱能(néng)夠高(gāo)效、專一(yī)吸附DNA,最大限度去除雜(zá)質蛋白(bái)及細胞中其他有機(jī)化合物(wù),提取的基因組DNA片段大,純度高(gāo),質量穩定可靠。
使用本試劑盒回收的DNA可适用于各種常規操作,包括酶切、PCR、文庫構建、Southern雜(zá)交等實驗。
● 提取得率:
材料
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提取量
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DNA得量
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細菌培養液
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108–1010 cells
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10-20
μg(革蘭氏陰性菌)
6-10 μg(革蘭氏陽性菌)
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● 準備工(gōng)作:
1. 準備55℃和70℃水(shuǐ)浴;無水(shuǐ)乙醇;1.5 ml滅菌離心管。
2. 按照(zhào)标簽所示在去蛋白(bái)液GD和漂洗液PW中加入無水(shuǐ)乙醇,混勻後蓋緊瓶蓋後室溫貯存備用。
3. 每次使用前請檢查緩沖液GA,緩沖液GB和去蛋白(bái)液GD是否有沉澱生(shēng)成,如果出現沉澱,37℃溫浴至沉澱溶解後再使用。
● 操作步驟:
如非指出,所有離心步驟均為(wèi)使用台式離心機(jī)在室溫下(xià)離心。
1. 取細菌培養液1-2
ml,10,000 g離心1分鍾,盡量吸淨上(shàng)清;向細菌沉澱中加入180 μl EB,旋渦混勻後加入18 μl 溶菌酶,室溫放(fàng)置10-15分鍾,期間間歇混勻幾次。
注:溶菌酶的用量和處理時間與處理的細菌種類密切相(xiàng)關,用戶可以根據細菌種類進行調節。如革蘭氏陽性菌應将處理時間延長(cháng)到(dào)30-60分鍾。
2.10,000g離心1分鍾,吸棄大部分上(shàng)清,留下(xià)約10 μl液體,徹底混勻。
注:由于餘留的液體較少,徹底混勻菌體不太容易,用手指彈動管壁附加槍頭反複吹打既能(néng)完全混勻菌體。混勻一(yī)定要徹底,否則容易導緻步驟8中離心柱堵塞。
3. 向菌體沉澱中加入200
μl緩沖液GA,混勻。
4.
向管中加入20
μl 蛋白(bái)酶K,混勻,55℃處理15-30分鍾,期間間歇混勻2-3次至溶液清亮。
注:加入蛋白(bái)酶K後會(huì)産生(shēng)絮狀物(wù),消化徹底的标志(zhì)是絮狀物(wù)完全消失,溶液變清亮。如消化不徹底,會(huì)導緻步驟8中離心柱堵塞。
5. 加入10
μl RNaseA(10 mg/ml)溶液,混勻後室溫放(fàng)置2分鍾。
6. 加入220
μl緩沖液GB,混勻,70℃放(fàng)置10-30分鍾(對于革蘭氏陽性菌,時間應延長(cháng)到(dào)60分鍾)。
注:加入緩沖液GB時可能(néng)會(huì)産生(shēng)白(bái)色沉澱,一(yī)般70℃放(fàng)置相(xiàng)應時間後溶液會(huì)變清亮。如溶液未變清亮,應延長(cháng)70℃處理時間。如果絮狀物(wù)不能(néng)處理幹淨,容易導緻步驟8中離心柱的堵塞。
7.
加入220
μl無水(shuǐ)乙醇,充分混勻。
注:加入乙醇後會(huì)産生(shēng)絮狀沉澱,可用槍頭反複抽打1-2次将沉澱弄碎後再上(shàng)柱。如果絮狀物(wù)未做處理,容易導緻步驟8中離心柱的堵塞。
8. 将上(shàng)一(yī)步所得溶液和絮狀沉澱加入到(dào)吸附柱CG中(吸附柱放(fàng)入收集管中),11,000g離心5分鍾,倒掉廢液,吸附柱CG放(fàng)入收集管中。
注:如果出現吸附柱堵塞現象,可将離心時間延長(cháng)到(dào)10分鍾。
9. 向吸附柱CG中加入500
μl去蛋白(bái)液GD(使用前請先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇),11,000 g離心2分鍾,倒掉廢液,吸附柱放(fàng)入收集管中。
10. 向吸附柱CG中加入700
μl漂洗液PW(使用前請先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇),11,000 g離心60秒(miǎo),倒掉廢液,吸附柱放(fàng)入收集管中。
11. 向吸附柱CG中加入500 μl 漂洗液PW,11,000
g離心60秒(miǎo),倒掉廢液。
12. 吸附柱CG放(fàng)回收集管中,11,000
g離心2分鍾。
注:此步驟非常重要,其目的是将吸附柱中殘餘的漂洗液去除。漂洗液中乙醇的殘留會(huì)影響後續的酶反應(酶切、PCR等)實驗。
13. 将吸附柱CG轉入一(yī)個(gè)幹淨的1.5
ml離心管中,向吸附膜的中間部位懸空滴加50–100 μl經70℃水(shuǐ)浴預熱的洗脫緩沖液EB,室溫放(fàng)置2分鍾,11,000 g離心2分鍾。
注; = ① 洗脫緩沖液體積最好不少于50 μl,體積過小(xiǎo)影響回收效率。
= ② 洗脫液的pH值對于洗脫效率有很大影響。若用水(shuǐ)做洗脫液應保證其pH值在7.0-8.5範圍内,pH值低(dī)于7.0會(huì)降低(dī)洗脫效率。
14. DNA産物(wù)-20℃保存。
● DNA濃度及純度檢測:
基因組DNA片段的大小(xiǎo)與樣品保存時間、操作過程中的剪切力等因素有關。提取的DNA片段可用瓊脂糖凝膠電(diàn)泳和紫外分光(guāng)光(guāng)度計檢測濃度與純度。可配制0.8-1.0%瓊脂糖凝膠,使用λ/HindIII判斷基因組的大小(xiǎo),完整的基因組大小(xiǎo)應在23 kb以上(shàng)。使用分光(guāng)光(guāng)度計檢測時, OD260/OD280比值應為(wèi)1.7-1.9之間,如果洗脫時不使用洗脫緩沖液,而使用去離子水(shuǐ)洗脫,比值可能(néng)偏低(dī),但并不表明DNA純度不高(gāo)。
RTG2401 細菌基因組DNA提取試劑盒發表文章
1. [2022 IF=4.2] Screening of high-efciency
nitrogen-fxing bacteria from the traditional Chinese medicine plant
Astragalus mongolicus and its efect on plant growth promotion
and bacterial communities in the rhizosphere.
Author: Zhiyong Shi, Xu Guo, Zhenhong Lei,
Yuanyuan Wang, Zhenyu Yang, Jingping Niu and Jianping Liang
Product: RTG2401 細菌基因組DNA提取試劑盒
Journal: BMC
Microbiology (2023) 23:292
Institution: College Of Life Sciences,Shanxi
Agricultural University
Paper link:https://doi.org/10.1186/s12866-023-03026-1