單鏈DNA Marker(20-75 nt)
貨号
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名稱
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規格
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RTM501
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單鏈DNA Marker(20-75 nt)
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25次
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● 産品編号及規格:
貨号
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名稱
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規格
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貯存
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RTM501-01
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單鏈DNA Marker(20-75 nt)
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25次(125 μl)
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-20℃
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DL080-01
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2×TBE尿素上(shàng)樣緩沖液
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1 ml
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4℃或-20℃
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● 産品簡介:
單鏈DNA Marker由不同長(cháng)度的單鏈DNA分子混合而成,7條帶的大小(xiǎo)為(wèi)20,25,30,35,40,
50,75
nt。35
nt 濃度約為(wèi)100
ng/μl,其餘條帶濃度約為(wèi)50
ng/μl。該産品已經含有上(shàng)樣緩沖液,使用前70度處理5分鍾後可以直接上(shàng)樣。該Marker适用于跑尿素變性膠,電(diàn)泳後使用單鏈DNA
PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(Cat:RTS5103),核酸PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(Cat:RTS5102),核酸快速高(gāo)靈敏度染色試劑盒(Cat:RTS5101)或核酸染料如RealSafe
Red(貨号:GR002)或RealSafe
All(貨号:GR004)均可以得到(dào)清晰的條帶分離效果。
産品内附帶2×TBE尿素上(shàng)樣緩沖液(Cat:DL080-01),方便待檢樣品的上(shàng)樣。以每次上(shàng)樣5 μl計算(suàn),該産品可以使用大約25次。
● 保存條件(jiàn)和運輸:
-20℃貯存;有效期2年(nián);濕冰運輸。
● 使用方法:
注:以下(xià)使用方法均以8×10cm凝膠 厚1.0mm示例,其他規格凝膠請适當調整。
一(yī). 凝膠制備:
1.1 可以選擇DNA尿素PAGE電(diàn)泳試劑盒(Cat:RTE4102))或按照(zhào)以下(xià)程序制膠:
表一(yī) TBE-尿素PAGE分離膠配方表 (總體積5 ml,适用于厚度1.0 mm小(xiǎo)闆膠)
單鏈DNA長(cháng)度
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最佳凝膠濃度
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尿素(克)
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40%PAA
(29:1)
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10×TBE
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補水(shuǐ)到(dào)總體積
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10%APS
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TEMED
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200-1000 nt
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5%
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2.1克
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0.625 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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50-400 nt
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8%
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2.1克
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1 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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30-300 nt
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10%
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2.1克
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1.25 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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10-150 nt
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15%
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2.1克
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1.875 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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5-120 nt
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20%
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2.1克
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2.5 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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1.2在凝膠模具中灌入适量分離膠溶液(對于mini-gel,凝膠液加至約距前玻璃闆頂端1.5 cm或距梳齒約0.5 cm即可),然後在分離膠溶液上(shàng)輕輕覆蓋一(yī)層1-5 cm的水(shuǐ)層,使凝膠表面保持平整。
1.3靜(jìng)置10-20分鍾,待分離膠和水(shuǐ)層之間出現一(yī)個(gè)清晰的界面後,說明凝膠已聚合。
注:凝膠的聚合時間與環境溫度有關。夏天溫度較高(gāo)時,聚合較快;冬天氣溫低(dī)時,聚合時間會(huì)延長(cháng)。可以根據環境溫度的不同調節APS的加入量。
1.4去除覆蓋在分離膠上(shàng)的水(shuǐ)層;按照(zhào)表二将不同體積成分在一(yī)個(gè)小(xiǎo)燒杯中混合;最後加入10%過硫酸铵和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免産生(shēng)氣泡。
表二 TBE-尿素PAGE 4%濃縮配方表 (總體積2 ml,适用于1.0mm厚度膠)
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各組份體積(ml)
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凝膠濃度
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尿素
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40%PAA(29:1)
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10×TBE
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滅菌水(shuǐ)
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10%APS
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TEMED
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4%
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0.84克
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0.2 ml
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0.2 ml
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補水(shuǐ)至體積2 ml
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20 μl
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2 μl
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1.5将濃縮膠溶液加至分離膠的上(shàng)面,直至凝膠溶液到(dào)達前玻璃闆的頂端;将梳子插入凝膠内,避免産生(shēng)氣泡。
1.6靜(jìng)置30-60分鍾,等待濃縮膠聚合。
注:凝膠的聚合時間與環境溫度有關。夏天溫度較高(gāo)時,聚合較快;冬天氣溫低(dī)時,聚合時間會(huì)延長(cháng)。可以根據環境溫度的不同調節APS的加入量。
二. 樣品制備:
2.1
取适量體積單鏈DNA
Marker樣品(不用添加上(shàng)樣緩沖液);待測樣品與等體積的2×TBE尿素上(shàng)樣緩沖液(Cat:DL080-01)混合,70℃處理5分鍾,冰浴制冷後待上(shàng)樣。
三.電(diàn)泳:
3.1. 預電(diàn)泳(可選):電(diàn)泳槽内外加入适量1×TBE緩沖液穩壓200V預電(diàn)泳30分鍾。電(diàn)泳結束後,用1×TBE緩沖液徹底沖洗加樣孔2-3次,去除殘餘的尿素。
3.2.上(shàng)樣:根據梳齒确定Marker上(shàng)樣量, 一(yī)般是10齒1mm厚梳子上(shàng)樣5
μl,15齒1mm厚梳子上(shàng)樣3
μl。
3.3. 連接電(diàn)源線,打開(kāi)電(diàn)源開(kāi)關,按照(zhào)以下(xià)條件(jiàn)電(diàn)泳。
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恒電(diàn)壓
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起始電(diàn)流
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結束電(diàn)流
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電(diàn)泳時間
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适用條件(jiàn)
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推薦電(diàn)壓
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200 V
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15-20 mA/闆膠
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10-15 mA/闆膠
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60+ min
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最佳電(diàn)壓,最優的分辨率
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3.4. 等待上(shàng)樣緩沖液的溴酚藍指示前沿到(dào)凝膠底部時終止電(diàn)泳,取出凝膠進行後續實驗。
變性膠濃度
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溴酚藍
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二甲苯菁
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5%
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35 nt
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130 nt
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8%
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19 nt
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75 nt
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10%
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15 nt
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55 nt
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15%
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10 nt
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52 nt
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20%
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8 nt
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35 nt
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四.染色:
用單鏈DNA PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(Cat:RTS5103),核酸PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(Cat:RTS5102)或核酸快速高(gāo)靈敏度染色試劑盒(Cat:RTS5101)染色均可以得到(dào)清晰的條帶分離效果。注:如果使用核酸染料染色,RealSafe Red(貨号:GR002)或RealSafe All(貨号:GR004)核酸染料結合單鏈核酸效果最佳,強烈建議使用以便獲得最佳效果的膠圖。其餘染料如GelRed,Goldview,EB等染色效果不好。
● 注意事(shì)項:
1. 單鏈DNA Marker産品适用于變性PAGE垂直電(diàn)泳,不适用于水(shuǐ)平瓊脂糖凝膠電(diàn)泳。
● 電(diàn)泳示例:
1. 使用單鏈DNA PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(貨号:RTS5103)染色:
2. 使用核酸PAGE電(diàn)泳染色試劑盒(貨号:RTS5102)染色:
3. 使用RealSafe Red核酸染料(貨号:GR002)染色:
4. 使用核酸快速高(gāo)靈敏度染色試劑盒(貨号:RTS5101)染色:
使用RTM501 單鏈DNA
Marker(20-75 nt)發表部分文章列表:
1. [2021 IF=3.532] Real-time detection of
SARS-CoV-2 in clinical samples via ultrafast ligation-dependent RNA transcription
amplification
Marker :RTM501,單鏈DNA Marker(20-75
nt)
Author: Peng
Zhang, Yang Li, Dongmei Zhang, Xinghao Zhu, Jinling Guo, Cuiping Ma and Chao
Shi
Journal: Analytical Methods 2023,
15,1915
Institution: Qingdao University
Paper
link:https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2023/AY/D3AY00093A